Bayesian hyperparameter optimization : overfitting, ensembles and conditional spaces

Authors: Lévesque, Julien-Charles
Advisor: Gagné, Christian; Sabourin, Robert
Abstract: In this thesis, we consider the analysis and extension of Bayesian hyperparameter optimization methodology to various problems related to supervised machine learning. The contributions of the thesis are attached to 1) the overestimation of the generalization accuracy of hyperparameters and models resulting from Bayesian optimization, 2) an application of Bayesian optimization to ensemble learning, and 3) the optimization of spaces with a conditional structure such as found in automatic machine learning (AutoML) problems. Generally, machine learning algorithms have some free parameters, called hyperparameters, allowing to regulate or modify these algorithms’ behaviour. For the longest time, hyperparameters were tuned by hand or with exhaustive search algorithms. Recent work highlighted the conceptual advantages in optimizing hyperparameters with more rational methods, such as Bayesian optimization. Bayesian optimization is a very versatile framework for the optimization of unknown and non-derivable functions, grounded strongly in probabilistic modelling and uncertainty estimation, and we adopt it for the work in this thesis. We first briefly introduce Bayesian optimization with Gaussian processes (GP) and describe its application to hyperparameter optimization. Next, original contributions are presented on the dangers of overfitting during hyperparameter optimization, where the optimization ends up learning the validation folds. We show that there is indeed overfitting during the optimization of hyperparameters, even with cross-validation strategies, and that it can be reduced by methods such as a reshuffling of the training and validation splits at every iteration of the optimization. Another promising method is demonstrated in the use of a GP’s posterior mean for the selection of final hyperparameters, rather than directly returning the model with the minimal crossvalidation error. Both suggested approaches are demonstrated to deliver significant improvements in the generalization accuracy of the final selected model on a benchmark of 118 datasets. The next contributions are provided by an application of Bayesian hyperparameter optimization for ensemble learning. Stacking methods have been exploited for some time to combine multiple classifiers in a meta classifier system. Those can be applied to the end result of a Bayesian hyperparameter optimization pipeline by keeping the best classifiers and combining them at the end. Our Bayesian ensemble optimization method consists in a modification of the Bayesian optimization pipeline to search for the best hyperparameters to use for an ensemble, which is different from optimizing hyperparameters for the performance of a single model. The approach has the advantage of not requiring the training of more models than a regular Bayesian hyperparameter optimization. Experiments show the potential of the suggested approach on three different search spaces and many datasets. The last contributions are related to the optimization of more complex hyperparameter spaces, namely spaces that contain a structure of conditionality. Conditions arise naturally in hyperparameter optimization when one defines a model with multiple components – certain hyperparameters then only need to be specified if their parent component is activated. One example of such a space is the combined algorithm selection and hyperparameter optimization, now better known as AutoML, where the objective is to choose the base model and optimize its hyperparameters. We thus highlight techniques and propose new kernels for GPs that handle structure in such spaces in a principled way. Contributions are also supported by experimental evaluation on many datasets. Overall, the thesis regroups several works directly related to Bayesian hyperparameter optimization. The thesis showcases novel ways to apply Bayesian optimization for ensemble learning, as well as methodologies to reduce overfitting or optimize more complex spaces.

Dans cette thèse, l’optimisation bayésienne sera analysée et étendue pour divers problèmes reliés à l’apprentissage supervisé. Les contributions de la thèse sont en lien avec 1) la surestimation de la performance de généralisation des hyperparamètres et des modèles résultants d’une optimisation bayésienne, 2) une application de l’optimisation bayésienne pour la génération d’ensembles de classifieurs, et 3) l’optimisation d’espaces avec une structure conditionnelle telle que trouvée dans les problèmes “d’apprentissage machine automatique” (AutoML). Généralement, les algorithmes d’apprentissage automatique ont des paramètres libres, appelés hyperparamètres, permettant de réguler ou de modifier leur comportement à plus haut niveau. Auparavant, ces hyperparamètres étaient choisis manuellement ou par recherche exhaustive. Des travaux récents ont souligné la pertinence d’utiliser des méthodes plus intelligentes pour l’optimisation d’hyperparamètres, notamment l’optimisation bayésienne. Effectivement, l’optimisation bayésienne est un outil polyvalent pour l’optimisation de fonctions inconnues ou non dérivables, ancré fortement dans la modélisation probabiliste et l’estimation d’incertitude. C’est pourquoi nous adoptons cet outil pour le travail dans cette thèse. La thèse débute avec une introduction de l’optimisation bayésienne avec des processus gaussiens (Gaussian processes, GP) et décrit son application à l’optimisation d’hyperparamètres. Ensuite, des contributions originales sont présentées sur les dangers du surapprentissage durant l’optimisation d’hyperparamètres, où l’on se trouve à mémoriser les plis de validation utilisés pour l’évaluation. Il est démontré que l’optimisation d’hyperparamètres peut en effet mener à une surestimation de la performance de validation, même avec des méthodologies de validation croisée. Des méthodes telles que le rebrassage des plis d’entraînement et de validation sont ensuite proposées pour réduire ce surapprentissage. Une autre méthode prometteuse est démontrée dans l’utilisation de la moyenne a posteriori d’un GP pour effectuer la sélection des hyperparamètres finaux, plutôt que sélectionner directement le modèle avec l’erreur minimale en validation croisée. Les deux approches suggérées ont montré une amélioration significative sur la performance en généralisation pour un banc de test de 118 jeux de données. Les contributions suivantes proviennent d’une application de l’optimisation d’hyperparamètres pour des méthodes par ensembles. Les méthodes dites d’empilage (stacking) ont précédemment été employées pour combiner de multiples classifieurs à l’aide d’un métaclassifieur. Ces méthodes peuvent s’appliquer au résultat final d’une optimisation bayésienne d’hyperparamètres en conservant les meilleurs classifieurs identifiés lors de l’optimisation et en les combinant à la fin de l’optimisation. Notre méthode d’optimisation bayésienne d’ensembles consiste en une modification du pipeline d’optimisation d’hyperparamètres pour rechercher des hyperparamètres produisant de meilleurs modèles pour un ensemble, plutôt que d’optimiser pour la performance d’un modèle seul. L’approche suggérée a l’avantage de ne pas nécessiter plus d’entraînement de modèles qu’une méthode classique d’optimisation bayésienne d’hyperparamètres. Une évaluation empirique démontre l’intérêt de l’approche proposée. Les dernières contributions sont liées à l’optimisation d’espaces d’hyperparamètres plus complexes, notamment des espaces contenant une structure conditionnelle. Ces conditions apparaissent dans l’optimisation d’hyperparamètres lorsqu’un modèle modulaire est défini – certains hyperparamètres sont alors seulement définis si leur composante parente est activée. Un exemple de tel espace de recherche est la sélection de modèles et l’optimisation d’hyperparamètres combinée, maintenant davantage connu sous l’appellation AutoML, où l’on veut à la fois choisir le modèle de base et optimiser ses hyperparamètres. Des techniques et de nouveaux noyaux pour processus gaussiens sont donc proposées afin de mieux gérer la structure de tels espaces d’une manière fondée sur des principes. Les contributions présentées sont appuyées par une autre étude empirique sur de nombreux jeux de données. En résumé, cette thèse consiste en un rassemblement de travaux tous reliés directement à l’optimisation bayésienne d’hyperparamètres. La thèse présente de nouvelles méthodes pour l’optimisation bayésienne d’ensembles de classifieurs, ainsi que des procédures pour réduire le surapprentissage et pour optimiser des espaces d’hyperparamètres structurés.
Document Type: Thèse de doctorat
Issue Date: 2018
Open Access Date: 24 April 2018
Permalink: http://hdl.handle.net/20.500.11794/28364
Grantor: Université Laval
Collection:Thèses et mémoires

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