Assemblage d'ADN avec graphes de de Bruijn sur FPGA

Auteur(s): Poirier, Carl
Direction de recherche: Fortier, PaulGosselin, Benoit
Résumé: Ce mémoire est consacré à la parallélisation d'un algorithme d'assemblage d'ADN de type de novo sur différentes plateformes matérielles, soit les processeurs multicoeurs et les accélérateurs de type FPGA. Plus précisément, le langage OpenCL est utilisé pour accélérer l'algorithme dont il est question, et de permettre un comparatif direct entre les les plateformes. Cet algorithme est d'abord introduit, puis son implémentation originale, développée pour une exécution sur une grappe de noeuds, est discutée. Les modifications apportées à l'algorithme dans le but de faciliter la parallélisation sont ensuite divulgées. Ensuite, le coeur du travail est présenté, soit la programmation utilisant OpenCL. Finalement, les résultats sont présentés et discutés.
Type de document: Mémoire de maîtrise
Date de publication: 2015
Date de la mise en libre accès: 24 avril 2018
Lien permanent: http://hdl.handle.net/20.500.11794/27132
Université décernant le diplôme: Université Laval
Collection :Thèses et mémoires

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