Assemblage d'ADN avec graphes de de Bruijn sur FPGA

Authors: Poirier, Carl
Advisor: Fortier, PaulGosselin, Benoit
Abstract: Ce mémoire est consacré à la parallélisation d'un algorithme d'assemblage d'ADN de type de novo sur différentes plateformes matérielles, soit les processeurs multicoeurs et les accélérateurs de type FPGA. Plus précisément, le langage OpenCL est utilisé pour accélérer l'algorithme dont il est question, et de permettre un comparatif direct entre les les plateformes. Cet algorithme est d'abord introduit, puis son implémentation originale, développée pour une exécution sur une grappe de noeuds, est discutée. Les modifications apportées à l'algorithme dans le but de faciliter la parallélisation sont ensuite divulgées. Ensuite, le coeur du travail est présenté, soit la programmation utilisant OpenCL. Finalement, les résultats sont présentés et discutés.
Document Type: Mémoire de maîtrise
Issue Date: 2015
Open Access Date: 24 April 2018
Permalink: http://hdl.handle.net/20.500.11794/27132
Grantor: Université Laval
Collection:Thèses et mémoires

Files in this item:
SizeFormat 
32442.pdf8.4 MBAdobe PDFView/Open
All documents in CorpusUL are protected by Copyright Act of Canada.