Environnement de développement bioinformatique pour la génomique et la protéomique

Abstract

L’objectif de ce mémoire est de décrire un environnement de développement capable de supporter les besoins du bioinformaticien dans les différents contextes de développement de logiciels de bioinformatique. Ce mémoire présente un environnement de développement et en démontre l’utilisation soit par une conception logicielle, soit par une réalisation logicielle. Trois contextes de développement d’infrastructure logicielle et de logiciels bioinformatique ont été identifiés : • Développement dans le cadre de projets de recherche. Mise en place d’une base de données pour le projet d’étude du parasite Leishmania par biopuces d’ADN complémentaire (ADNc) et développement d’une application WEB permettant de mettre en évidence de façon graphique la transcription polycistronique chez ce parasite. Transcription de plusieurs gènes (cistrons) contigus en un seul ARN messager (ARNm). • Développement dans le cadre de plates-formes de recherche. Évaluation des aspects communs des plates-formes de recherche existantes dans le centre de recherche et conception d’un modèle générique d’application de gestion d’information de laboratoire (LIMS). Évaluation des aspects spécifiques des plates-formes de recherche et développement de logiciels de supports pour la configuration et la lecture de résultats spécifique à la plate-forme de qRT-PCR. • Développement dans le cadre de la plate-forme de bioinformatique. Le premier exemple est un logiciel pour une chaîne de traitement à haut débit de données issues de la plate-forme de biopuces. Le deuxième exemple est un logiciel effectuant des alignements locaux de séquences d’acides nucléiques. Ce logiciel, basé sur BLAST, présente des informations supplémentaires dans un format plus facilement utilisable par d’autres logiciels.

The aim of this essay is to describe a development environement which is able to support bioinformaticians in several contexts for bioinformatics software development. This essay presents a development environement and substantiate its use in each context identified either by a software design or by a complete software realisation. Three development context of software infrastructure and bioinformatic software are identified : • Research project development. Setting up database for Leishmania parasite research project with cDNA microarray and development of a WEB application shed on light the polycistronic transcription of this parasite in graphical way. • Research plateform development. Evaluation of common facets of research platforms and design of a generic model for a laboratory information management system (LIMS). Evaluation of spécific facets of research platforms and development of support software for the qRT-PCR plateform. • Bioinformatic platform development. The first sample is a utility software for a high troughput data flow coming from the microarray platform. The second sample is a software making local alignments of nucleic acid sequences. This software which is based on BLAST, presents additional information in a more usable format for other software.