L'accroissement des concentrations atmosphériques de gaz à effet de serre est la cause d'importants changements climatiques. La présente étude visait à évaluer la séquestration du carbone dans trois systèmes agraires au Costa Rica. Cinq traitements ont été comparés : jachère jeune faisant partie d'un cycle d'agriculture migratoire, jachère âgée, système agroforestier (SAF) de cacaoyers sous ombrage mono-spécifique de Cordia alliodora, SAF de cacaoyers sous ombrage multi-spécifique et SAF de bananiers sous ombrage multispécifique. L'analyse démontre que les SAF de cacaoyers emmagasinent une quantité supérieure de carbone comparativement aux autres traitements. Environ 58 % du carbone total présent dans les unités expérimentales se retrouve dans le sol. Les arbres d'ombrage et les cacaoyers ont contribué à la majeure partie du carbone aérien vivant, soit 85 % en moyenne. Il ressort de cette étude que les SAF de cacaoyers sous ombrage constituent une solution de rechange avantageuse au système d'agriculture migratoire.