Personne : Bernatchez, Alex
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Nom de famille
Bernatchez
Prénom
Alex
Affiliation
Université Laval. Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique
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ncf12004234
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Publication Accès libre Characterization and diversity of phages infecting Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida(Nature Publishing Group, 2017-08-01) Tremblay, Denise; Paquet, Valérie; Bernatchez, Alex; Moineau, Sylvain; Vincent, Antony; Charette, StevePhages infecting Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, the causative agent of the fish disease furunculosis, have been isolated for decades but very few of them have been characterized. Here, the host range of 12 virulent phages, including three isolated in the present study, was evaluated against a panel of 65 A. salmonicida isolates, including representatives of the psychrophilic subspecies salmonicida, smithia, masoucida, and the mesophilic subspecies pectinolytica. This bacterial set also included three isolates from India suspected of being members of a new subspecies. Our results allowed to elucidate a lytic dichotomy based on the lifestyle of A. salmonicida (mesophilic or psychrophilic) and more generally, on phage types (lysotypes) for the subspecies salmonicida. The genomic analyses of the 12 phages from this study with those available in GenBank led us to propose an A. salmonicida phage pan-virome. Our comparative genomic analyses also suggest that some phage genes were under positive selection and A. salmonicida phage genomes having a discrepancy in GC% compared to the host genome encode tRNA genes to likely overpass the bias in codon usage. Finally, we propose a new classification scheme for A. salmonicida phages.Publication Accès libre Étude des propriétés antibactériennes de composés d'huiles essentielles contre des agents pathogènes d'aquaculture(2019) Bernatchez, Alex; Frenette, Michel; Charette, Steve.L’aquaculture est à la base de l’alimentation de nombreux pays orientaux où la demande croît constamment. Afin de répondre aux besoins alimentaires de la population, les aquaculteurs doivent souvent élever le poisson dans des conditions extrêmes et stressantes pour l’animal. Conséquemment, le système immunitaire des poissons est diminué et les infections bactériennes deviennent fréquentes. Plusieurs traitements antibactériens sont à la disposition des aquaculteurs, mais ceux-ci sont rarement souhaitables comme ils ont souvent une faible efficacité ou peuvent stresser davantage les individus élevés. Ainsi, l’investigation de nouveaux agents antibactériens potentiels est cruciale. La communauté scientifique s’est éveillée dans les dernières années aux propriétés antibactériennes, antifongiques et antivirales des huiles essentielles et de leurs composantes. Dans la présente étude, neuf composantes retrouvées dans différentes huiles essentielles ont été évaluées face à quatre des agents pathogènes les plus répandus en aquaculture, soit Aeromonas salmonicida, Flavobacterium columnare, Streptococcus iniae et Vibrio parahaemolyticus. La concentration minimale inhibitrice des neuf molécules a été déterminée, démontrant la cinnamaldéhyde comme étant le meilleur agent antibactérien parmi celles-ci. Des combinaisons de molécules ayant inhibé la croissance bactérienne n’ont pas démontré d’effet synergique lorsque combinées ensemble. La microscopie électronique à transmission a été utilisée pour observer les altérations visibles de la membrane bactérienne et des structures extracellulaires chez S. iniae après exposition à la cinnamaldéhyde. Aucune différence visible n’était observable entre les bactéries exposées et non exposées à la cinnamaldéhyde. La capacité de la cinnamaldéhyde à inhiber la formation de biofilm a été évaluée par coloration au cristal violet. Les résultats observés suggèrent que cette molécule peut affecter négativement la formation de biofilm de certaines bactéries à l’étude. À la lumière des résultats de cette étude, la cinnamaldéhyde semble être un agent antibactérien d’intérêt dans le traitement ou la prévention d’infections bactériennes en aquaculture.