Personne : Aghel, Khadijeh
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Nom de famille
Aghel
Prénom
Khadijeh
Affiliation
Université Laval. Département de phytologie
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ORCID
Identifiant Canadiana
ncf13735881
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Publication Accès libre Molecular and ensemble learning approaches to study the impact of climate factors on the evolution of cranberry fruit rot(2023) Aghel, Khadijeh; Bélanger, Richard R. (Richard Robert)La canneberge à gros fruits (Vaccinium macrocarpon) est un arbuste vivace cultivé principalement au Canada et aux États-Unis. Au cours des dernières années, le Québec est devenu un important producteur de canneberge ce qui en fait le plus grand producteur au Canada et le plus grand producteur de canneberge biologique au monde. Avec cette augmentation de la production, la pourriture des fruits de la canneberge (PFC), une maladie causée par 12 espèces de champignons, est devenue l'un des principaux facteurs affectant le rendement. Tirant partie de la technique moléculaire pour identifier l'agent pathogène en cause, cette étude s'est fixée pour objectif d'évaluer l'évolution temporelle de la PFC en déterminant et en comparant l'abondance des espèces fongiques sur deux années de production, 2018 et 2020, à partir de trois fermes (biologique, transition - sans fongicides depuis 2015, conventionnelle - trois applications de fongicides par année) réparties dans trois régions distinctes du Québec (respectivement, Saguenay - Lac - St - Jean, Lanaudière, Centre du Québec). Comme prévu, des variations significatives de la diversité fongique et de l'abondance relative ont été observées entre les années et les fermes. Cependant, les champignons prédominants au Québec sont demeurés les mêmes au fil des sites et des périodes d'échantillonnage, à l'exception d'une diminution de Colletotrichum fructivorum couplée à une augmentation de Strasseria geniculata entre 2018 et 2020. De plus, Monilinia oxycocci a été retrouvé presque exclusivement dans la ferme biologique, les deux années à l'étude, ce qui indique que les fongicides peuvent réprimer cet agent pathogène efficacement avec un effet durable. De plus, la plus grande diversité de champignons identifiés dans la ferme biologique confirme que les applications de fongicides ont réduit l'incidence de la PFC et la composition fongique. Bien que la température et les précipitations soient connues pour influencer le développement des maladies fongiques des plantes, les connaissances sur l'impact des facteurs environnementaux sur la dynamique spatio-temporelle des PFC sont limitées. Sur la base des données climatiques obtenues d'Environnement et Changement climatique Canada pour les trois fermes enquêtées, les effets des facteurs climatiques sur les variations observées de l'abondance des espèces ont été évalués en utilisant la modèle d'amplification du gradient d'apprentissage automatique, qui est un algorithme d'apprentissage automatique supervisé robuste. Étonnamment, la température et les précipitations n'étaient pas les facteurs les plus importants influençant l'incidence des champignons pathogènes causant la PFC au Québec. Les analyses ont révélé l'impact inattendu de pression de l'air sur la présence des espèces tout en corroborant celui des applications de fongicides. L'étude de l'effet des facteurs climatiques sur l'incidence de la PFC a abouti aux premiers résultats sur l'impact de leur évolution dans l'espace et dans le temps. En raison de leur influence sur les espèces de la PFC, le présent travail confirme qu'une estimation plus poussée de leur importance pourrait mener à une meilleure gestion de cette maladie.